Por si acaso hay que salir corriendo, creo este hilo para recoger los clones de minecraft que conozcáis.
Empiezo con uno que acabo de encontrar:
Terasology - http://blog.movingblocks.net/blockmania/
Parece un clon 100% puro, pero con un chute de shaders para mi excesivo.
Spoiler
Escrito en Java, open source (Apache 2.0).